Iδρύθηκε στα Χανιά το 2004 από τους εκπαιδευτικούς της μουσικής Ιωάννη Καστρινάκη και Βασιλική Κατερινάκη, με κύριο σκοπό την καλλιέργεια και προώθηση της κλασικής μουσικής παιδείας καθώς και της μουσικής διαπαιδαγώγησης των νέων, τη διάδοση και διάσωση της παραδοσιακής και λαϊκής μουσικής μας κληρονομιάς.
Η επωνυμία του ωδείου αφιερώθηκε, στον Ιωάννη Μανιουδάκη, για τη διδακτική, συνθετική και συγγραφική του μουσική προσφορά και δραστηριότητα.